您所述的情况,属于民法上的表见代理。
表见代理意思是说代理人虽然没有代理权,但是客观上具有使善意且无过失的相对人相信他为有权代理人的正当理由的情况,因而可以向被代理人主张代理的效力。
由于相对人有足够的理由相信代理关系的存在,被代理人不得以无权代理为由,否认代理行为所产生的法律后果,被代理人仍然要承担相应的责任。
在本案中,“长期业务往来”“和一个业务经理关系还可以”“业务经理手里有授权委托”等情节,属于客观上存在权利外观。同时,公司合同专用章和公司公章的法律效力在签订合同时候是一样的,所以不管该借款合同上盖公章还是盖合同章,该合同都是具有法律效力的。
所以,对方公司应该按照合同约定还您钱,如果协商不成,建议您起诉处理。
《中华人民共和国民法典》
第一百七十二条 行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后,仍然实施代理行为,相对人有理由相信行为人有代理权的,代理行为有效。